藏医学认为人体是一个整体，构成人休的各组织器官之间在病理上相互影响，辨识清楚各种病证与脏腑和五官之间的关系对提高临床疗效具有十分重要的意义。尼玛在临床上重视脏腑与五官的辨证，注意诊察眼、耳、鼻、舌及身体的触觉等五官的颜色、润泽及其视觉、听觉、嗅觉、味觉、触觉等五识的灵敏程度。

(一)黄水为万病之源学说

尼玛以黄水为万病之源学说为指导，创制出有关皮肤病的一系列经验方。黄水是藏医学中的概念，黄水存在于全身各处，在肌肤及关节处较多。它的本性既不属热，也不属寒，病变后寒热两性俱全。发生血和希拉(火热)所转化者与热相结合，成为热性黄水病，亦称黑黄水病；发生巴达干和赫依所转化者与寒相结合，成为寒性黄水病，亦称白黄水病。病变之黄水亦能以合并、聚积等类型进而引起各种疾病，如白痛风、牛皮癣、虫病、疥瘤、痹病、白喉、炭疽、丹毒、疱疹、浮肿、水肿等。尼玛认为寒热失调是发生皮肤病的根本原因，基本病机是局部血脉阻塞、气血凝滞。他通过大量病例，总结出了许多经验方，并结合藏医外治法联合治疗皮肤病。

(二)三因学说

尼玛广纳百家之长，在学术思想上，极力倡导三因学说，注重三因病证的治疗。他认为三因豪乱会导致各种疾病，调理三因平衡是保障人体正常功能的首要条件。三因学说在藏医临床上应用广泛，是藏医诊断与治疗的理论根据。尼玛认为治疗脏腑疾病时，不能仅从脏腑着眼，而要与三因相联系，要注意三因的运化、腐熟功能是否正常，无论火水土风“四元”紊乱，还是久病虚弱均可导致三因失调。三因失调会影响脏腑的功能，引起各种脏腑发病，故所有疾病发病机理均涉及三因。因此，治疗疾病时首先要调理三因，才能达到满意的效果。

尼玛认为疾病的发生都有其原因，正如有烟才有火，有云才有雨那样，这原因就是致病的内因和外缘即外因。内因和外缘关系密切，内因是致病的根源，外缘是致病的条件。所以诊断疾病必须先找出引起疾病的内因和外缘。他认为，贪、嗔、愚是一切疾病发生的根源，其内因就是处于生理状态下的隆、赤巴、培根三种人体固有的物质，这三种物质是生命活动的三种能量，也是致病的三大因素。因此在诊断疾病时细致了解和分析发生三因病变后变成隆、赤巴、培根三邪的增损、蓄积、发作及互相干扰等情况，对于正确判定疾病及疾病寒热属性均有重要意义。

藏医根据三邪成分多寡、发病部位及性质将疾病共分为404种。各自又按单一型、合并型、聚合型及并发型等分为若干种疾病。但是尼玛认为，无论疾病种类有多少，产生的根源超不出隆、赤巴、培根三邪，犹如鸟类自由地到处飞翔，但其影子总是离不开大地那样。因此所有不同种类的疾病都无不概括在隆、赤巴、培根三邪之中。凡是由培根和隆邪所致的疾病属寒证；赤巴邪所致的疾病属热证。总之，所有疾病最终无不属于寒、热两大类。