卢芳从儿时单纯背诵《药性赋》《汤头歌》《药性歌括四百味》《医宗金鉴》等，到大学熟读理解并背诵《黄帝内经》《金匮要略》《伤寒论》《本草纲目》等，对于如何学习中医经典，他逐渐摸索出一种重要的学习方法，那就是背诵。《本草纲目》是一本卷帙浩繁的巨著,书中所列药物1892种，卢芳可以流利地背诵临床常用的中药。正是由于熟读、精读，以至全文背诵这些经典，使他奠定了深厚的中医理论功底，这是他在理论与临床上能够发展创新的重要基础。

卢芳在《黄帝内经》“治未病”理论的基础上，提出动态辨证论治的治疗思路。《黄帝内经》奠定了中医学的基础理论体系，其中遵循自然养生，防重于治的思想贯穿在整个理论体系中，纵览古代文化与哲学，不难看出《黄帝内经》吸收了儒、道等家先进的养生和预防思想，不仅从医学的角度明确提出“治未病”的概念，而且建立了完整的“治未病”理论体系。比如《素问?四气调神大论》提出的顺应气候变化的动态养生观及未病先防“治未病”的主导思想，提出预防重于治疗的重要性，曰：“圣人不治已病治未病，不治已乱治未乱……夫病已成而后药之，乱已成而后治之，譬犹渴而穿井，斗而铸锥，不亦晚乎。”以此生动比喻未病先防的重要性。又如《灵枢?逆顺》曰：“上工，刺其未生者也。其次，刺其未盛也。其次，刺其已衰者也……故曰：上工治未病，不治已病。"上工刺其未生者，后人引为未病先防，早期治疗的预防思想。显然治病于未生，比治其未盛更具积极意义，施治于未病之先才是治未病之法。

《黄帝内经》中天体一体观、五脏一体观和人与自然相应的思想构成了整体恒动观，天地万物之间、人体五脏之间不仅是一个整体，而且处在不断运动变化的过程中。整体恒动思想是中医学的指导思想，横贯中医基础理论，左右理法方药。整体恒动观是“治未病”理论的思想基础。疾病是邪气作用于人体，正邪斗争在脏腑、经络病理变化的反映，呈现着整体动态传变模式。疾病的传变是在机体、脏腑、经络等组织中的转移和变化，也就是疾病过程中各种病理变化的衔接、重叠与传化，其中包含着病邪、病性、病位和病势的动态变化，如伤寒的六经传变，温病的卫气营血传变等。传，是指病变循着一定的趋向发展变化，是指病邪、病性、病位和病势在某些特殊体质、邪正盛衰、有无宿疾、治疗当否等条件下，不循一般规律而起病性的转变。疾病传变规律一般多呈顺传之势。《素问?缪刺论》言：“邪之客于形也，必先舍于皮毛，留而不去，入舍于孙脉，留而不去，人舍于络脉，留而不去，入舍于经脉，内连五脏，散于肠胃，阴阳俱感，五脏乃伤，此邪之从皮毛而人，极于五脏之次也。"《素问?调经论》《灵枢?百病始生》亦有类似的论述。扁鹊的“治未病”思想体现在齐桓公的病例中，“邪风之至，疾如风雨，故善治者治皮毛，其次治肌肤，其次治筋脉，其次治六腑，其次治五脏，治五脏者半死半生也”。《素何?阴阳应象大论》指出虚邪伤人的一般传变模式——由表入里，寓意和提示早期防治、既病防变和截断传变途径的“治未病”思想。

卢芳认为中医辨证论治存在相对的亚动态性。由于证候具有“以候为证”的特点，证候的定位是整体性或亚整体性的，《素问?生气通天论》言“自古通天者，生之本，本于阴阳”“阳气者，一日而主外；平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭，是故暮而收拒，无扰筋骨，无见雾露，反此三时，形乃困薄”。《素问?生气通天论》曰：“苍天之气，清净则志意治，顺之则阳气固、虽有贼邪，弗能害也，此因时之序。”指出一天之内三段时间阳气的活动规律和人身阳气的重要性。循着时序的变化规律保养生气，显示未病先防的动态养生观。在高楼林立的城市，人夜酷热难当，对于已感受外邪而又素体本虚，或稚阴稚阳体质的患儿，人夜后空调，凤扇猛吹，以至晨昏之间发生变证者并不少见，正如《素问?移精变气论》所说：“失四时之从，逆寒暑之宜，贼风数至，虚邪朝夕，内至五脏骨髓，外伤空窍肌肤。”又说：“暮世之治病也则不然，治不本四时，不知日月，不审逆从……故病未已，新病复起。”所以临证要因人、因时制宜，疾病过程的气候变化特点、患者的生活习惯特点、病邪的“因时从化、因地制宜”,把握昼夜晨昏、阴阳寒热二气的变化特点。掌握这一规律，动态性、证候演变规律预见性地先证而治或治未病的脏腑，随机对证应变治疗。所以，《素问?阴阳应象大论》言：“故治不法天之纪，不用地之理，则灾害至矣。"《荀子?天论》言：“应之以治则吉。”中医学强调“治病必求于本，本于阴阳”,调和阴阳，以平和为期。要求“上工治未病”的理念，“毋逆天时，是谓至治”。