在继承中医传统理论的基础上，晁恩祥继承并丰富了“风邪”学说及“通法”理念，结合当今临床诊疗实践，创立并发展了中医肺病和急诊学科。与此同时，晁恩祥从温病理论辨治“非典”、甲流等传染病，重视“温邪上受，首先犯肺”的先导病机，延伸了现代温病学的科学内涵，充分发挥了中医药在突发公共卫生事件中的重要作用。在中医整体观念和治未病思想的指导下，倡导“调补兼施”,为疑难杂病和老年病的诊疗开拓了新途径。

 (一)继承并丰富中医“风邪”理论，立肺病“八法八方”

针对肺系病提出“发时疏风宣肺，平时固本培元”的治则。对于哮喘的病机及治疗而言，古人“专主于痰”,历代医家恪守古训。但现代临床发现，对于特禀质(过敏体质)或由过敏因素诱发的哮喘而言，“痰”象并不显著,从痰论治疗效不甚理想。晁恩祥在多年的临床实践中发现，此类患者所表现的哮鸣购喘、咽痒咳嗽等症状，从现代医学角度而言，均由气道挛缩狭窄所致，与中医学“风邪致病”理论相类似。因此，其在继承中医理论的基础上，结合哮喘现代发病机制，根据“风善行而数变”“风为百病之长”“风胜则动”“风性挛急”及“风性轻扬，善侵于上”的特点，首创“从风治哮”,指出“风盛痰阻，气道挛急”是哮病发作的主要病机，拟定疏风缓急、宣肺平喘的黄龙舒喘汤，常用麻黄、杏仁、地龙、白果、苏子、白芍、石菖蒲等，临床疗效显著。晁恩祥在“风哮”研究的基础上，进一步扩大“风邪致病”理论，独辟蹊径，提出现代“风咳”概念，此即《儒门事亲》“风、寒、暑、湿、燥、火，皆令人咳”是也。如部分感冒后咳嗽，反复发作，缠绵难愈，且伴有咽喉痒感，遇冷空气及异味则加重，多表现为刺激性阵咳或挛急性咳嗽，此即“风咳”之范畴，多由风邪犯肺、肺气失宣所致。根据疏风宣肺法采用苏黄止咳方治疗，亦取得了较好疗效，相关研究在国内外杂志发表，得到专家认可。

呼吸系统疾病多反复发作，时轻时重，某些疾病可长期稳定，但一遇诱因即可发作。晁恩祥根据此类疾病特点提出“抓主症，找共性，析病机”“意则治标、缓则治本”的辨治思路。肺系病咳痰喘为其主症，外感风邪犯肺为其主要加重因素；肺失宣降、痰瘀互结为其共有病机；病位在肺，久及脾肾。故治以疏风宣肺、化痰祛瘀与扶正固本、调补肺肾为主。缓解期本虚为主，扶正固本、调补肺肾为要；发作时表实为主，疏风宣肺、化痰祛瘀为先；本虚标实并现，疏风宣肺、化痰祛瘀，扶正固本，调补肺肾并重，根据情况调整比重。晁恩祥在长期诊治肺系疾病过程中，针对肺病之咳痰喘炎，结合发作期和稳定期的不同，制定了八法八方，如发作期用疏风宣肺法、清热排痰法、泻浊纳气法、解痉平喘法；稳定期用扶正固表法、益气敛肺活血法、调补肺肾法和解表清里法，研制了苏黄止咳方、泻浊纳气方。调补肺肾方、肺痿方、黄龙舒喘方、疏风止痒方、疏风通窍方和解表清里方，分别用于呼吸系统常见病和疑难病的诊治，提高了临床疗效。

(二)注重“肺衰”研究，继承中医“通法”理论

晁恩祥提出“气血不通，百病由生；气通血通，百病不生”,认为“通可去滞，通能祛邪",并灵活应用于危重症患者救治，丰富和发展了中医急诊学。

中医历来被称为“慢郎中”,急危重症领域如何发挥中医药作用，一直是晁恩祥思索并研究的问题。早在20世纪90年代，晁恩祥就针对危重症领域最常见的呼吸衰竭开展了临床与基础研究，以“肺衰”为点展开中医药诊治急危重症研究。较之《黄帝内经》“喘息汗出，此为肺绝”,晁恩祥将临床表现为呼吸困难、喘息汗出，痰量增多且不易咯出，兼见四末、口唇、耳轮发绀，舌质紫黯，舌下静脉迂曲粗乱等体征的慢性呼吸衰竭称为“肺衰”。此类疾病临床上以老年患者多见，通常还伴有大便不畅或干结的情况，部分患者因缺氧或二氧化碳潴留导致神志异常。总而言之，多属肺肾气衰、浊气上逆、痰瘀闭阻之证，治以泻浊纳气，标本兼治，为此晁恩祥创立泻浊纳气汤，临床疗效显著。此法之关键在于“通腑”,肺与大肠相表里，腑气通则肺气降，《外台秘要?许仁则疗咳嗽方》亦提出，治疗饮气咳嗽经久不愈且兼见昼夜嗽不断、汗出、大小便不利、气上喘急等症状者取“大便通滑为度，时时的鸭溏亦佳"。“久病致瘀”,泻浊即通腑泻肺、化痰祛瘀逐饮，与现代医学改善通气功能的观点相一致；“久病致虚”,纳气即补肾气之虚而纳上逆之气以降，这与现代医学消除呼吸肌疲劳，改善换气状态的观点相吻合。在此基础上提出了运用“通法”治疗危重症的理念，“气血不通，百病由生；气通血通，百病不生”“通可去滞，通可祛邪”,人体气血以通为顺、以利为常，气血滞则百病始生。以通利之品，通过通窍、通腑、通络等祛除气滞邪阻的方法，调畅全身气机，改善气血阻滞状态，使人体功能正常发挥。因通利之品多具辛温(烈)活血、逐瘀、攻下之性，可祛除滞结于脏腑、经络间的痼邪顽痰，消除直接危害机体的病理因素，故为内科急症常用药物。晁恩祥常将其用于退热、消胀止痛、平喘、正血、解痉、醒脑开窍以及逐水等方面，并且强调“急则治标”"急症当祛邪，邪祛正自安",注重辨证论治，重视对疾病过程、阶段证候的治疗。

(三)针对“非典”、甲流等新发突发传染病，注重“温邪上受、首先犯肺”

传染性疾病发病急骤，传变迅速，感染人群较广，属于中医温热病、温疫病的范畴。晁恩祥运用温病理论辨治现代传染性疾病经验丰富，且成果卓著。在20世纪90年代开展中医药诊治传染性疾病研究，培养博士研究生1名，发表《"肺与大肠相表里”理论在急性肺部感染治疗中的应用研究》论文，其后参加“非典”、禽流感和甲流等传染病的诊治。他强调需不断分析传染病的病因、病机，注意疾病的动态发展。例如“非典”的病机为“温邪上受，首先犯肺”,毒邪侵袭人体，肺为华盖，上先受之；正邪搏结交争，出现以肺为中心的热毒损伤，毒损络瘀；同时温毒内蕴，中焦受之，困遏脾胃，以致后期出现肺胃气阴两伤与血瘀痰阻。人感染高致病禽流感，发热时间较长，符合温疫发热的特点。该病起病急骤、来势凶猛，传变迅速、变化多端、感染范围广、持续时间长，皆具毒、热、湿、瘀、虚、脏衰的证候要素表现，病情复杂而严重。邪传于表发于卫分、气分，传于里而入肺胃，毒热伤及营血及脏腑阴阳，层层深入，甚至气阴耗伤，衰竭而亡，故应预防、治疗和瘥后调护相结合。

晁恩祥认为伤寒与温病是相辅相成，相互补充与发展的关系，是完整的中医外感热病学不可或缺的两部分。传染性疾病并不单纯是外感热病，外感病邪仅是诱因，“邪之所凑，其气必虚”,内伤是疾病的核心病机。他运用中医药治疗“非典”和甲型HIN1流行性感冒等急性呼吸道传染病的经验，结合西医学理论，认为“正虚邪郁、瘀热互结”是其基本病机，提出“清透截断、扶正祛邪”的基本治法。如疾病初期，外感为主，正邪交争，以“驱邪外出、防止内伤”为首务，疫毒外受，毒发伤及肺卫，致使肺卫受邪，肺气失宣，当以清热解毒，宣肺透表。随着疾病进展，毒发伤及肺胃之气，湿热内蕴，胃肠失于和降，当以清热解毒，祛湿和胃，兼以泻肺化瘀。乃至极期，内闭外脱，病情危重，当在西医学支持下以扶正固脱、回阳救逆、清热开窍。疾病后期，病势缠绵，以“驱邪务尽、防止复发”为首务，立以“疏风透邪、利咽养阴”之法。

(四)注重整体观念和“治未病”思想

晁恩祥在20世纪70年代防治“老慢支”的基础上，结合长期诊治老年病和疑难病的经验，注重从整体观念和“治未病”思想诊治为疑难病和老年病诊治开拓了新途径。

慢性阻塞性肺疾病属于中医学“咳嗽”“喘证”“痰饮”等范畴，反复发作，进行性加重，目前尚无根治药物。晁恩祥从20世纪70年代开始，根据《黄帝内经》“治未病”思想和“冬病夏治”理论，强调“正气存内，邪不可干”,总结出该病的主要病机是肺肾两虚、痰浊阻肺，针对这一病机特点提出了补肺益肾、健脾化痰的治疗方法，研制了固本止咳夏治片和张氏医通冬病夏治白芥子涂法，用于慢阻肺稳定期肺肾两虚、痰浊阻肺证的治疗，临床上取得了满意疗效。后来晁恩祥又将慢阻肺稳定期与中医虚喘相联系，认为其主要病机是肺肾两虚，并提出调补肺肾的治疗方法，育调于补，调补兼施，指导研发了调补肺肾胶囊，获中药新药临床批件。

随着环境污染加重，肺间质性疾病发病率逐渐上升，该病被归为中医“肺痿”范畴，中医学将其分有虚热与虚寒两种，这一观点为后世医家所遵祟。晁恩祥在长期临床实践中发现该类疾病无论虚寒、虚热或寒热错杂，其病久必有瘀血，并首先提出“瘀血肺痿”概念。肺间质纤维化是临床常见间质性肺疾病之一，临床常常表现为"动喘"“干咳，咳唾涎沫”“易疲乏无力”等典型症状。晁恩祥联系肺间质纤维化典型症状及“肺痿”的论述，在20世纪90年代即提出将肺纤维化归入“肺痿”病范畴进行辨证论治。认为三者可并现、可或缺，且属难治。临床表现以喘息气短为主，可有咳嗽，或干咳，或咯黏稠或泡沫痰，可有柞状指，发绀，舌下静脉迂曲等。常由外邪犯肺，肺气受损，耗气伤阴，日久及肾，至肾不纳气，动则气喘。或因风邪犯肺，或因痰浊、瘀血阻络，而成本虚标实之证。本虚多为肺、肾，标实则多为风、痰、瘀。这样既重新从现代疾病角度丰富了中医肺痿病证的内涵，也深化了肺痿病本身的认识。晁恩祥认为其主要病机是肺肾气虚和气虚血瘀，制定调理肺肾、益气活血的治法，研制了院内制剂肺痿冲剂。

中医临床之关键在于四诊合参，辨证精当，内外妇儿均有各自特点，晁恩祥认为只要抓住核心病机就可确定治则治法，方药随机而出，理法方药一致。