巴?吉格木德教授常常对青年教师和学生讲："从事蒙医基础理论的教学、科研大员，必须坚持参加蒙医临床医疗，不然你搞的理论就有脱离临床实践的危险，这是传统医学研究中的一个重要问题。”"吉格木德教授要求自己不说没有证据的话，一切学术观点都要问清出自哪儿，有什么根据，容不得半点马虎。”他的学生这样描述他。巴，吉格木德治学严谨，古文献研究的功底深厚，他广阔深邃的学术境界、踏实严谨的治学作风，成为新一代学者的典范。他的硕士、博士研究生深受其影响，在学术方面踏实肯钻，很多学生现已成为内蒙古自治区乃至全国蒙医界的中坚力量。

作为第五、六批全国老中医药专家学术经验继承指导老师，巴?吉格木德教授先后培养学术继承人4人次、接收入室弟子8名。另外，作为全国优秀中医(蒙医)临床人才指导老师，从内蒙古自治区范围内收徒10余名。在师承带教过程中，巴?吉格本德教授严格要求弟子，帮助他们打好蒙医学基本功，训练临床辨治思维，指导处方用药技巧，系统传授蒙医药学术经验，使他们更好地传承蒙医学术，造福广大患者。

经过多年的悉心培养，巴?吉格木德教授培养的弟子、学术经验继承人大多数已经成为蒙医事业发展骨干力量，其中1人入选岐黄学者，1人入选青年岐黄学者，4人人选“国家万人计划”,10人当选内蒙古蒙医药学会中青年创新人才。

此外，在深入研究蒙医学术流派发展壮大、传承消亡、构成要素与传承规律的基础上，巴?吉格木德带领团队申报并获批内蒙古自治区国际蒙医院国医大师巴?吉格木德传承工作室，出版《国医大师巴?吉格木德学术著作选集》丛书9部，《国医大师巴?吉格木德教授临床医案手稿集锦》6部，阿育吠陀医学经典著作8部，指导门徒出版古籍文献经典著作3部，其中，《琉璃鉴》一书荣获中国民族医药学会学术著作二等奖。为更好培养蒙医药学人才，向内蒙古医科大学捐赠个人收藏图书千余册，蒙医药相关文物几十件。门下弟子及再传弟子35余人，在全国蒙医药界占有重要地位。