1951年，年仅12岁的巴?吉格木德跟随喇嘛叔父开始学习蒙医。叔父膝下无子，带着巴?吉格木德从乡村牧区的赤脚医生做起，将自己从实践和《大藏经》中得来的蒙医药知识全部传授给了他。从那时开始，巴?吉格木德便踏上了探索蒙医学的艰辛之路。不久，叔父又把他介绍给了当地一位很有名的医生利格桑。在走完蒙医特有的拜师学艺“献哈达”仪式后，利格桑开始教授他《珊瑚验方》等经典蒙医医书，同时教授脉象学、常用方剂、药物炮制法等。

1958年，巴?吉格木德考人内蒙古医学院中蒙医学系，师从首届国医大师苏荣扎布先生，开始接受系统正规医学教育。1963年，巴?吉格木德顺利完成学业，成为该院第一届蒙医本科班学生。毕业后留校，在内蒙古医学院从事教学、临床、科研工作至今。