占堆精读《四部医典》及其他藏医经典著作，提出藏医药学是具有一定哲学理论的独特的医学体系。他认为藏医学是以三因学说为理论核心，以五源学说为指导思想，认为世界是物质的，是五行相互作用的结果。藏医学是以七物质、三秽物及脏腑经络的生理病理为基础，以整体观念、辨证论治为特点，形成的独特理论体系。他还提出三因在相生相克状态下保持平衡、同种病治疗也需进行辨证施治等重要论断。

(一)三因在相生相克状态下保持平衡

对于藏医核心理论三因学方面，占堆提出了在生理状态下，隆、赤巴、培根是相生相克地保持平衡的关系。隆具有糙、轻、微寒、微、坚、动6种特性；赤巴具有微腻、锐、热、轻、臭、泻、湿7种特性；培根具有腻、凉、重、钝、柔、稳、黏7种特性。如果三因素中的一个因素偏多时另外两个因素就会起到制约作用，如果某个因素减少时另外两个因素就会起到相生作用。比如赤巴的热性相对偏高时，由培根的寒和隆的微寒来制约其继续上升，同样培根的寒性增强时，在赤巴的热和隆的糙作用下就会达到平衡状态。在正常生理状态下，三因素在人体内保持着一定的容量和固定的居处，处于相互依存、相互制约的状态，保持着平衡和协调，共同维持人体的生命活动，保证人体健康无病。但是，在病理状态下，即在各种内外致病因素的影响下，三者的容量及存在的位置发生变化，出现偏盛偏衰、相互占位，原先平衡和协调的状态被破坏，进而侵害人体的七精华、三秽物，变成致病的因素，人体将失去平衡。

(二)同种病治疗也需进行辨证施治

藏医认为辨病主要从病因、环境、时令、禀性、年龄、发病部位、发病时间、饮食消化、所喜恶的饮食习惯、症状、三诊等多个方面着手进行诊察。虽然是同一个疾病，但病因、环境、时令等因素不同，其治法也不同。如治疗感冒，对象是年轻人或壮年人时按病程相关症状来治疗就可达到目的，但治疗老年患者时，一般寒性药物不可多用，由于年龄为70岁以上的老人和体力衰弱的隆型人，容易隆的平衡失调，因此治疗过程中多以平性药物和治疗隆的药物联合应用。现在临床上有些人认为用药时必须遵循《四部医典》服药的最佳时间：中午和午夜是赤巴病易发时间，故在此两个时间段用凉药和凉性饮食治疗赤巴病为佳；黄昏和早晨是培根病易发时间，故在此两个时间段用养护胃火的热性药物和饮食治疗一切寒性疾病最佳；晚上和黎明是隆病易发时间，故在此两个时间段用引诱隆病聚集的性热、有营养的饮食和药物治疗零星散在的隆病最佳。但是单一疾病诊治过程中不一定要给早中晚不同的药。有些人认为治疗疾病时主病药必须要占80%以上，占堆认为这是不符合藏医学基本理论的治法，藏医治疗的根本原则是三因五元达到正常量的动态平衡，因此要全方位考虑，不能一味追求主病的治疗，在临证过程中必须做到辨病辨证治疗疾病。