在创新思维引领下，王琦构建了“辨体-辨病-辨证”的诊疗模式，提出“主病主方”学术思想，不仅丰富了中医学的诊疗模式体系，也为解决临床疑难问题开辟了新的路径。

(一)创立“辨体一辨病-辨证”三辨诊疗模式

主琦自20世纪70年代末开始研究中医体质学，并将中医体质的研究成果运用到临床疾病的诊治中，逐渐形成了“辨体-辨病-辨证”的临证模式。该模式是将辨体、辨病、辨证相结合，进行综合运用的一种临床诊疗模式。辨体、辨病、辨证各有指向，相互联系，三位一体。辨证论治是中医学的特色和临床诊疗的主要手段，与辨病(中医的“病”和西医的“病”)论治一并为临床所习用。辨证指向的目标是“疾病”过程中的某一阶段，将疾病某一阶段的病理特点与规律作为研究的主体，是考虑脏腑气血阴阳盛衰的现状及与本次疾病的关联，并概括现阶段疾病对机体所造成的影响；辨病指向的目标则是疾病全过程的病理特点与规律，是对某一疾病发生、发展规律的总体认识，诚如徐灵胎所云：“凡病之总者，谓之病。而一病必有数症。”而辨体所指向的目标是"人",将人作为研究的主体，主要诊察形体，禀赋、心理以及地域和奉养居处等对人的影响，亦即人对这些因素的反应。以此分析某类人群脏腑阴阳气血的多少，与某类疾病的易罹性，分析某种体质之人患病后体质对疾病的影响，即疾病发展的倾向性，以及对药物的耐受性等。在患病过程中，体质、疾病、证候三者从不同角度、不同层面反映了疾病的本质、规律与特征。王琦认为，临床上运用“辨体-辨病-辨证”临证模式时，要针对具体疾病灵活运用。有以辨体为主，兼辨病、辨证的模式；有以辨病为主，兼辨体、辨证的模式；还有以辨证为主，兼辨病、辨体的模式。

1.以辨体论治为主，兼辨病、辨证论治的模式

以代谢综合征的治疗为例，痰湿体质是代谢综合征发生的共同土壤，只有改善痰湿体质才能更好地治疗代谢综合征。因此治疗此病以辨体论治为主，王琦常用益气健运汤改善痰湿体质，然后再结合辨病、辨证论治。如血压偏高者，酌加槐角、竹茹、川牛膝、葛根等；血糖偏高者，加生地黄、黄连，乌梅等；血脂偏高者，加大黄、绞股蓝、决明子等；尿酸偏高者，加土茯苓、草蔽、晚蚕砂等。此外，王琦指出，辨体论治应注重患者多维度状态的判定。如面部油腻、眼睑浮肿、舌苔厚腻腹部肥满、四肢沉重、动作缓慢，言语缓和等，综合构成了痰湿体质的整体图景；神情忧郁、交流不畅、敏感多疑、悲伤欲哭，以及涉及多系统多器官的变化多样的不适感如疼痛、麻木，灼烧感、蚁走感等，综合构成了气郁体质的整体图景。而这些多维整体状态构成了相关疾病发生的土壤，临床应注意总结。

2.以辨病论治为主，兼辨体、辨证论治的模式

以阴茎勃起功能障碍为例，王琦认为阴茎勃起功能障碍有其主病机，即肝失疏泄、宗筋失充，并以疏肝通络、调达宗筋为组方思路自拟“疏肝振痿汤”为主方治疗，然后再结合辨证论治和调体治疗。瘀血阻络者，加丹参、蜈蚣、水蛭、赤芍等；痰瘀阻络者，加地龙、僵蚕等；肝经湿热者，加龙胆草、泽泻、车前子、蛇床子等；更年期阳痿属于肝气郁结者，合用柴胡加龙骨牡蛎汤治疗。

3.以辨证论治为主，兼辨体、辨病论治的模式

以慢性浅表性胃炎为例，脾胃虚寒、胃阴亏虚、脾胃湿热、肝胃不和、气滞血瘀均为慢性浅表性胃炎的常见证型，临床上治疗此病，需要以辨证治疗为主。如证属脾胃虚寒者，用理中丸加减治疗；证属胃阴虚者，用地丁散合沙参麦冬汤加减治疗；证属脾胃湿热者，用半夏泻心汤加减治疗；证属肝胃不和者，用柴胡舒肝散加减治疗；气滞血瘀者，用血府逐瘀汤加减治疗。在辨证治疗的基础上，再结合辨体论治。如气郁体质者，酌加疏肝解郁、行气活血之品改善气郁体质；血瘀体质者酌加理气活血化瘀之品改善血瘀体质；阳虚体质者加温阳益气之品改善阳虚体质。

(二)倡导主病主方论

1.主病主方的临证思路

王琦认为辨病施方是中医诊疗之原始。他认为现存最早的方书《五十二病方》记载了52类疾病的有效方剂，体现了辨病用方的思想。《伤寒杂病论》每篇篇名均冠以“辨××病脉证并治”,全书以病名篇，以病统证，据病施方，初步确立了辨病论治体系。辨病就是辨疾病的主要病机，疾病无论多复杂，总能摸索出主要病机，抓住主要病机组方用药才能治病求本，提高疗效。因此对于临床上经常诊治的疾病，王琦逐步发现并总结出这些疾病的主要病机，然后针对主要病机组方用药，形成了主病主方的临证思路。

2.提炼疾病的主导病机

主病是指贯穿一种疾病始终的主导病机。一种疾病的发生发展过程是由主导病机控制，临床诊治疑难病时，首先要辨清主导病机。如王琦结合现代医学对男性不育的认识提出了“肾虚夹湿热瘀毒虫”的病机，突破了肾虚致不育的传统认识。其中肾虚指先天禀赋不足，后天肾失滋养，肾精亏虚，生殖功能低下，如少精子症、弱精子症等；湿热指过食肥甘辛辣，或过量饮酒酿热生湿，或外感湿热之邪等，从而损伤生精功能，包括前列腺炎及其他生殖系统炎症；瘀是指各种生殖系统的慢性病变形成的血瘀、痰瘀等致病因索，包括精索静脉曲张、精液液化障碍等症；毒是指化学药品、汽油、农药、工业废气及辐射，食棉籽油(棉酚)及腮腺炎引发睾丸炎等对生殖器官、生精功能的损害；虫是指性传播疾病及种种微生物感染，包括梅毒螺旋体、淋球菌、衣原体、支原体、滴虫及结核杆菌和白色念珠菌等。在此病机的指导下，王琦以补肾填精、清热利湿解毒、活血化瘀为治法，自拟升精赞育汤治疗男性不育症。除此之外，王琦系统总结了临床62种疑难病的核心病机。如高血压的主病机为血随气逆，上扰清窍；冠心病的主病机为血瘀痰浊，痹阻心脉；慢性浅表性胃炎的主病机为寒热错杂，胃失和降；习惯性便秘的主病机为脾不布津，传导失司；慢性肾功能衰竭的主病机为脾肾虚衰。湿浊瘀毒潴留等。详见《王琦治疗62种疑难病》

3.依据主导病机确立主方

主方是指针对主导病机而选用专药组成的方剂。临床诊疗疾病时，首先要辨清主导病机，然后根据主导病机确定主要治法，再依据治法选择专教药物，最后按照组方原则合理制方。如针对顽固性失眠，王琦经多年揣摩，认为“肝魂不藏，阴阳失和”为其主要病机，以“调肝安魂，交通阴阳”为治法自拟“交合安眠汤”(由夏枯草、半夏、苏叶、百合组成)。夏枯草治失眠，王孟英多有推崇，谓“夏枯草微辛而甘，故散结之中兼有和阳养阴之功，血瘀不寐者，服之即寐，其性可见矣。陈久者，其味尤甘，入药为胜”。而半夏治失眠，首见于《灵枢?邪客》半夏秫米汤，云其“饮以半夏汤一剂，阳明以通，其卧立至",明?徐树丕《识小录》又载：“半夏一名守田，一名水玉，能治夜不寐。姑苏张濂水，名康忠，尝治董尚书浔阳不眠，用百部一两，半夏一两，董即得美睡，酬之百金。”半夏、夏枯草同用治疗失眠，则见于清人陆以活《冷庐医话》,书中说：“偶从杭城沈雨溥书坊购得《医学秘旨》一册，有治不睡方案云：‘余尝治一人患不睡，心肾兼补之药遍尝不效，诊其脉知为阴阳违和，二气不交，以半夏三钱，夏枯草三钱浓煎服之，即得安睡，仍投(以)补心等药而愈”。盖半夏得至阴之气而生，夏枯草得至阳之气而长，二药配伍，和调肝胃，平衡阴阳而治失眠。”此外，正琦又增加苏叶、百合与之相配，更相得益彰。盖苏叶辛温气薄，理气和营，引阳入阴；百合甘而微寒，叶橘泉《食物中药与便方》载“治失眠不宁，易惊醒”,故半夏、夏枯草、苏叶、百合合以为方。临床以此四药为主方加味治疗失眠常获佳效。

王琦临床主病主方，有由经典名方化裁而来，也有合方、自拟方等多形式，但皆强调以主病病机决定主方制方原则，不是随意组合，必须具有新的制方理论和明确的适应范围。如张仲景金匮肾气丸的制方思想突出“阴中求阳”和“少火生气”;钱乙所制六味地黄丸的制方理论则遵循“壮水之主，以制阳光”,因此去金匮肾气丸中附子、桂枝，改干地黄为熟地黄，其主治功效与原方比较已发生了根本变化；张景岳根据“阳中求阴”的制方理论，去六味地黄丸中的“三泻”洋泻、茯苓，牡丹皮，加枸杞子、菟丝子、龟板胶、鹿角胶、川牛膝，制成左归丸；王琦根据《黄帝内经》“阳化气，阴成形”的理论，在六昧地黄丸基础上加枸杞子、桑椹子、淫羊藿、巴戟天等，制成少弱精子症主方。诸如此类的制方方法，颇能体现方剂的制方理论，更能显示制方配伍的特色和特殊规律。

4.主病主方的临证思路与三辨临证模式相互补充

主病主方的临证思路与三辨(辨体-辨病-辨证)的临证模式相互补充，并不矛盾。一方面，主病主方的临证模式强调针对主要病机，确立主要治法，依据治法选药组方，对于临床上诊治率高的病证，经过大量临床病例的积累，能够逐渐总结形成针对某一病证的专病方。另一方面，“辨体-辨病-辨证”的临证模式贯穿于主病主方的临证之中。三辨模式强调的是临证思维与方法，任何疾病的治疗都需要以正确的诊疗思维和方法为指导，因此主病主方的临证应用中渗透了三辨思想并在三辨之中有所侧重。如果病理体质作为疾病的主要病机，则以调理病理体质为主形成主病主方；如果该病有较为明确的病因病机，并且临床证型多样，可以在主病主方的基础上进行辨证加减、如王琦治疗过敏性疾病和代谢综合征既用到了三辨模式又体现了主病主方的临证思路。