王琦于1943年出生于江苏高邮，年轻时就职江苏省高邮市中医院，曾先后跟随朱月桥、江韵樵等名医学习。1976年3月，卫生部举办全国中医研究班。经过层层选拔，时年33岁的他从江苏省众多学子中脱颖而出，从此师从岳美中、方药中等一代中医学人，领略大师风范。

1978年，全国恢复研究生教育，卫生部中医研究院与北京中医学院联合举办了第一届中医研究生班招生，他结束研究班的学习，就报名参加考试。那年有1300多人报考中医研究生班，最后仅录取50名，王琦再次得到命运的垂青，成为中医界唯一一个同时参加了1976年全国中医研究班和1978年首届全国中医研究生班的中医人，经历了从“师承教育”到“学位教育”的转换。

1980年毕业后，他相继担任中国中医科学院研究生部教研室主任、研究生部副主任；自2001年起，相继担任北京中医药大学中医学院中医体质与生殖医学研究中心主任、北京中医药大学国家中医体质与治未病研究院院长、王琦书院院长等职，从事教学、临床、科研工作至今。