林毅生于医学世家。外祖父黄道培是福建古田人，曾任福建省建瓯医院院长。父亲林得成新中国成立前在江西参加了中国人民解放军，之后随军到达广西，参加了解放广西的革命行动，新中国成立后成了一名防疫战线上的老兵，同时也是广西防疫事业的先驱。1942年春，林毅出生于抗日战争时期赣州城里的一个军营中。当时，正是抗日战争最艰难的阶段。林得成为女儿取名为“毅",意在强调“士不可以不弘毅，任重而道远”,期望她能传承医道，以仁心仁术大济人世苍生。

林毅出身于西医世家，却因为命运的关系转而投入到了中医的殿堂。自幼聪明好学的林毅，曾经深深地着迷于"航空梦",高中二年级，她通过严格筛选最后被选中保送空军某军事学院，临行前却因为一个从不曾联系过的海外亲戚关系，这个梦破碎了。她暗下决心一定要考上北京航空学院，可高考后，自己的档案却被转入了广西中医学院。面对命运的弄人，凭借坚毅顽强的性格，林毅迅速走出了低谷，进而确立了奋斗一生的目标，“学好中医，振兴中华医学”。

一旦目标确认，就全力以赴。进入广西中医学院以后，林毅便一头扎进了浩瀚的中医知识海洋。大学期间林毅德智体全面发展，担任学校团委宣传委员、学习委员、文体委员、文工团长、课代表等职，事务繁多。在当好学生干部的同时，为了集中精神背诵经典，林毅常常偷偷地爬上校园中的荔枝树，躲在上面背书，“不熟背经典不下树”,就这样较着劲，不知不觉中，林毅打下了坚实的中医基础。直到今天，年过八十的她，每每谈及经典方药时，都会不假思索地背诵出医书典籍的原文或论述，可见当初用功之深。