(一)勤求古训，以经典实基础《黄帝内经》是打好中医学术基础最重要的著作，《伤寒论》与《金匮要略》是临床各科必读的典籍。余瀛鳌认为"医案阐论对诊疗颇多启发；要根据不同的病证，择善选用经方、时方。要打好中医学术临床基础，经典名著的学习与运用至关重要"。

在方法上，余瀛整谨记秦伯未老师提出的“学习，钻研，积累，探索”八个字。首先是重视学习、基础打好，不具备勤奋学习的基础，也就谈不上钻研；另外要重视探索精神，在诊疗中进行分析、鉴别和实际应用。“白天看病，晚上要多查阅一些文献资料，看看古人是怎样处理这类患者的，举一反三，温故可知新，不能任其糊涂下去。”方法上主要靠“学习，钻研，积累，探索”八个字。有的人当了一辈子医生，经治的患者也很多，但效验就是提不高，学术上也缺乏长进，就是因为对学习的重视不够，基础没有打好，要打好中医理论基础，学好《内经》《难经》《伤寒论》《金匮要略》等经典著作外，还要加强文学和医古文方面的修养。根据秦老的读书经验，余瀛鳌将所读书中的精论及方药治疗分类摘记笔记或资料卡，以便于检索。

(二)勤于临证，力倡学以致用

余瀛鳌刚工作时，秦老即嘱咐他，中医研究院藏书很丰富，要珍惜机会阅读典籍文献，但千万要注意不能脱离临床诊疗，“力求多读书、多临证”。从事文献研究者一定不能脱离临床实践，要学以致用；临床医生也不能脱离文献研究，这样可加深对于文献的认识，将历史经验为现实服务，发挥历史文献的作用。余瀛鳌开始在广安门医院不分科别地出诊，坚持学术与临床相融会，后来带教硕士、博士、博士后时也同样有此要求。

(三)博采众方，取诸家之长

精审博取，不囿于一家之言，要包括古今，多查阅文献，或就近请教于年长学者。秦伯未老举例说：“清代名医黄元御认为，世医家缺乏古代四圣(指岐伯、黄帝、秦越人、张仲景)之旨，遂予一概排斥，这个学术见解为后世医家所垢病。”清代名医雷丰在《时病论》"古今医书宜参考论”中言：“医家不可执古书而不读今书，亦不可执今书而不读古书，参考古今，则医理自得中和之道矣。”

增长学验必当勤求博取。秦伯未老在20世纪50年代，让余瀛鳌多读并加深理解医圣张仲景《伤寒杂病论》原序，对其中"勤求古训，博采众方"这八个字多多探索，理解。“勤求古训”是历代医家传承的重点，“博采众方”能丰富医者治病的手段，提高疗效和诊疗水平，这也是医者所广泛追求的。在仲圣之前，专事研究百家学说的汉代大儒王充就强调过治学应“多闻博识",他指出：“夫人含百家之言，犹海怀百川之流也。"(王充《论衡?别通》)之所以强调“博学”,清代名医赵彦晖曾言："医非博不能通，非通不能精，非精不能专。必精而专，始能由博而约。"(《存存斋医话稿》何廉臣序)而这又是很多医家深刻探析其学验的精粹内涵。诚如清初医学大师张璐在《千金方衍义?自序》中所云“务博而不知所宗，浅涉而未探安奥",就难以达到“博学"的要求。我们应力求博极研精，深造自得。医者之所以应"博采众方",因为重要的名医、名著和学术流派，分别有各具特色、各有优势的学术经验。任何一个学术流派，都或多或少地存在着它的局限性或片面性。因此，既力求有重点地学，又主张不分撰述人的身份、长幼，选择性地予以参阅。余瀛鳌回忆1957年在江苏省中医院随颜亦鲁先生(颜德馨之父)辅诊抄方，印象最深刻的是若干脱发病例效果佳。颜老说：“脱发多因血虚、风热乘袭所致，故多用当归、侧柏叶。"在看到明代龚信《古今医鉴》“二仙丸”(即当归、侧柏叶)治脱发，经常加用生熟地。回忆在与叶橘泉先生，先父余无言、章次公先生、耿鉴庭先生等在北海公园聚会，次公先生谈到他曾看过清代李汝珍的《镜花缘》(小说作品)内有一治痢疾方，药用羌活、苍术、杏仁、川乌、生熟大黄、炙甘草等，自己将此方名为“通痢散",该方治疗“奇恒痢”效果好。所谓奇恒痢，往往泻次不多，但多见神昏语涩、发热、气呛喘逆等症，多属阳邪壅盛，邪攻心肺、九窍，故在痢疾未加重时用通痢散，多能防止奇恒痢的发生。章老说：“当然很多痢疾患者也都加用了香连丸(木香、黄连),如患者泻次多，又可不用生熟大黄。”

(四)博涉知病，审病之“常”“变”

业医者的知病与治病。需要通过细致察脉、辨析因证。张仲景阐论诸病，重点强调的就是"脉证并治"。《素问?脉要精微论》提到脉学在“知病”辨析方面的重要性，不仅要知病之在内、在外，还应该“知病之所在”和“知病之所变”,其中的规范、法度必当遵循。但医者所经治的病证，往往是复杂多变的，正如清代伤寒名

家钱潢在《伤寒溯源集》“心下痞证治第四"中所说“圣贤立训之规格有限，病情变幻之伎俩无穷"。关于“治病",曾有分经方派、时方派，或是经方、时方择善而从，这反映了在方治上不同的学术流派。清代徐大椿在《兰台轨范》序中提出“一病必有主方，一方必有主药”的见解，至于治病的“博采众方”,宜对古今名方择要而有重点地学习。早在宋代，医家严用和便在《济生方》中告诫医门学子应该古今并重。“概执古方以疗今之病，往往柄凿之不相入者。"联系到南齐医家褚澄所说的“博涉知病”,诊治患者的基本条件是“知病”,如不通过广泛参阅文献资料，就难以达到理想的“知病”目的。

(五)名师指点，求治学枢要

余瀛鳌从年轻时即重视临床文献研究，终生治学，这与著名中医学家秦伯未的指点、引导有着密切的关系。秦伯未老是著名中医教育家丁甘仁的高足，余瀛鳌就学于秦老，属T氏门派的再传弟子。丁老教勉学生积累学问要“勤求古训，博采众方”,秦老要求余瀛鳌应深切学习前贤独特的医疗经验。1959年仲夏某日，秦老在住处接诊一位因患“带状疱疹”前来求治的中央某部负责同志。秦师索阅前医处方，大致属于清肝解毒的治法。秦老为他另疏一方：大瓜蒌一枚连皮捣烂，红花一钱半，生甘草三钱。后接到患者电话告称：服药后当天晚上，胁腰部疱疹的疼痛即见缓解。总共才3味药，共服3剂，病证向愈。问秦老何以用此方?答称：“此方非我所创用，系明代医学家黄古潭的经验方。我过去习惯从中医外科专著中寻求治法，但效果不太满意，后来我从《赤水玄珠》中看到此方，运用于临床，效验竞出乎意料。”黄古潭的名望虽不如汪机、孙一奎，但对治疗缠腰火丹却有其独到之处。后此方成为秦老治疗此病的经验方。秦老总结说：“作为一个临床医生，要丰富个人的治疗手段，应在阅习本专业的优秀论著之外，看一些其他科别的著作，以充实自己。"秦老教勉学生应以“勤求古训，博采众方”作为自己的座右铭。

父辈的成就对自己的事业是一种格外激励。余瀛鳖系统回顾过父辈在学术研究方面，尤其在研究《伤寒论》《金匮要略》方面的成果。20世纪30-50年代，对《伤寒》《金匮》研究有重要著作出版的主要为曹颖甫、陆渊雷、余无言三家，陆渊雷的《伤寒论今释》《金匮要略今释》在国内外产生重要影响，余无言的《(图标注释)伤寒论新义》(又名《伤寒论新义》)1940年出版，由谢利恒撰序隆重推荐，《(图表注释)金匮要略新义》也于同年写成，但直到新中国成立后才面世，书名题字出自秦伯未老的亲笔墨宝。后来《伤寒论新义》陆续出版十多版，影响十分广泛，余瀛鳌去台湾时在书市上也曾见到此书。