余瀛鳌出身于医学世家，家学渊源。其先曾祖余赞襄(约1820—1883),是江苏阜宁名医。其先祖父余奉仙(1860—1939),精于伤寒、温病，瘟疫及内科杂病，被誉为“晚清苏北三大名医”之一，著有《医方经验汇编》

其先父余无言(1900—1963),擅长伤寒、温病和内外科多种病证，在上海长期业医期间，深受谢观、陈无咎、丁福保等前辈之教益，诊治疑难重病和伤寒温病甚多，是民国时期著名的经方派医家，由于崇尚经方，用石膏、大黄者多不胜数，因此赢得“石膏大黄先生”的美称。20世纪30年代，中医大兴办学之风，余无言与张赞臣合办《世界医报》。应聘于上海中国医学院、新中国医学院等校讲授《伤寒论》《金匮要略》和《中医外科学》等课程，1937年与张赞臣共同主办上海中医专科学校。1947年，又创办上海大同疗养院，并任院长。1952年，编写出版《金匮要略语译》,被称为上海市研究仲景学说三大家之一。1956年春，应卫生部中医研究院之请，赴京主持中医研究院编审室。1958年，参加北京中医学院“十大经典医著”的编纂设计，还承担中央首长的医疗保健和会诊工作。

余瀛鳌，1933年出生于上海，原住上海南洋桥路(今名自忠路),在上海完成了小学、中学和大学学业。自20世纪30年代始，其父无言先生与丁福保、谢观、陈无咎、陆渊雷、叶橘泉、蒲辅周、秦伯未、程门雪、章次公、张赞臣、陈邦贤、陈慎吾、严苍山等医界名流交往甚密，余瀛鳌自小即耳濡目染，受到了浓郁的传统文化熏陶。

1955年，余瀛鳌毕业于上海第二医学院，同年冬报名参加卫生部主办的第一届全国西医学习中医研究班，系统学习中医药学，以优异成绩结业，实现了由西返中的“回归”。毕亚后被分配到中央直属机关第二医院，后医院改为北京医学院附属医院，他又从医院调入卫生部中医研究院(今中国中医科学院)。余瀛鳌经常和父亲一起交流，受教颇多，父亲的治学态度和诊疗经验深深地印在他的脑海里。

1956年初秋，余瀛鳌经父亲引荐拜师于秦伯未[秦伯未(1901—1970),名之济，号谦斋。新中国成立后，历任上海市第十一人民医院内科主任、卫生部中医顾问、中华医学会副会长等职，著作等身，所编撰的中医论著近60种，尤其对《黄帝内经》《金匮要略》深有研究]。余无言老以经方驰名，秦伯未老则多以时方鸣世，他们各有所长，余瀛鳌兼收并蓄，受教颇多。