孙申田出生于黑龙江省呼兰县。16岁时，因两膝关节红肿入绥化铁路医院住院治疗，病情月余未见好转，后回到呼兰县求当地知名中医进行诊治，经中药治疗半月后得以痊愈。这次经历让他对中医药产生了浓厚的兴趣，立志要学习中医救死扶伤。1956年，孙申田考取牡丹江卫生学校中医专业，1959年又以优异的成绩考入黑龙江中医学院学习。很多学员觉得学习中医过程枯燥乏味，孙申田却一头扎进中医经典，觉得中医学博大精深，意趣无穷。

1963年是对孙申田从事针灸专业影响极为重要的一年，这一年他在天津中医学院研修针灸临床。当时天津中医学院是全国中医院校中最早把针灸科独立出来并设独立针灸门诊的院校。在研修期间，孙申田有幸师从著名针灸前辈于伯泉、曹一鸣两位先生，研习针灸经络理论及针刺手法。于伯泉先生对中医学造诣颇深，博览群书，尤偏爱《黄帝内经》《针灸大成》,常一卷在手，细心玩味，孜孜以求，对其条文和歌赋可脱口而出。“不做徒守门户的粗工和书本的奴隶”,这是于伯泉先生放在嘴边告诫学生的话语，时至今日仍然给孙申田很深的影响，所以孙申田每读经典时都会细心揣摩，坚持将各家所长反复实践于临床，并总结出自己的见解，既博采众长，又独树一帜。

1971年，孙申田又来到哈尔滨医科大学神经内科进修，从师于著名的神经内科专家葛茂振教授。进修期间，葛茂振教授鼓励他大胆用针灸疗法治疗脑血管病、脑性瘫痪、延髓麻痹和某些神经系统疾病，用中药治疗脊髓空洞症，都取得很好疗效。这段时间的学习，也为孙申田后来成立针灸神经内科病房，把神经内科引入针灸和中医领域，为针灸临床建立新的模式打下了基础。