柴嵩岩出生于辽宁省辽阳市一个普通人家，无医学家传。1948年12月，近代伤寒大师陈慎吾创立私立北平中医研究所，柴嵩岩拜师陈慎吾，踏上岐黄之路。1952年，《人民日报》刊登了卫生部关于举办全国首届中医药专门研究人员班的招生简章，7月，柴嵩岩考人北京医学院医学系丙班，师从现代医学家吴阶平、王光超、李家忠、严仁英等名师，学习现代西医学理论与技能。1957年10月，柴嵩岩进入北京中医医院工作，与众京城名医刘奉五、王志敏、赵松泉、王碧云、李鼎铭、郗需龄等共事，受燕京医学流派影响。

年轻时“拜师”“院校教育”“多方悟道”的教育、成长经历，使柴嵩岩成为新中国成立后第一批“中学西”中医药人才，对其形成“用中医理论、中医思维、中医方法，解决临床问题”的行医理念，有深远影响。

20世纪80年代初起，柴嵩岩开始形成自己的医学想法、观点，铢积寸累，汇成系统，撰写心得，陆续发表于国内期刊，是之后“柴嵩岩中医妇科学术思想及技术经验知识体系”之雏形。1982年3月，受国家派遣，柴嵩岩与著名中医学者吉良晨、王玉章等人赴日本讲学。此次讲学之观点，经以后不断发展、完善，形成“柴嵩岩月经生理理论”“肾之四最”“二阳致病”“补肺启肾”“妇人三论”等学术思想，最终形成“柴嵩岩中医妇科学术思想及技术经验知识体系”。