黄璐琦对学生有几点要求，首先是孝敬父母，每年春节前，他都给每位学生买只烤鸭带回家，作为送给家长的礼物；其次，他要求学生要有举一反三的能力。此外，他的实验室集结了几十位不同学科背景、不同学历、不同年龄段的成员。空闲的时候，他开办了“分子生药学”暑期班，招收有兴趣的人，给他们免费做关于“分子生药学”的培训。对于自己的研究，黄璐琦并不满足，他希望有更多的人能够和他一样，在中药学研究道路上一直走下去。 

黄璐琦还曾获全国优秀博士学位论文指导教师的荣誉。截至2020年7月，他培养硕士、博士研究生80余名。